основан 19 июля 1696 г. указом царя Петра I в отвоеванной у турок крепости Азов, на месте древней ц. св. Иоанна Предтечи. Предположительно храм был построен греками до тур. завоевания генуэзской фактории Тана (Азак) в 1471 г., в 1638 г. церковь была восстановлена казаками, но при оставлении ими Азова в 1642 г. вновь разорена. Во время взятия Азова рус. войсками в 1696 г. храм был окончательно разрушен. По преданию, в его руинах Петром была обретена чудотворная икона св. Иоанна Предтечи, что и положило начало обители.
В 1700 г. была построена ц. св. Иоанна Предтечи, иконостас для к-рой писали В. Иванов и И. Герасимов. Первым настоятелем А. м. стал строитель Алексий, с 25 дек. 1699 г. настоятелем был архим. Иоасаф. К нач. XVIII в. в обители проживало 30 чел. братии, на содержание к-рой царь определил жалованье в размере 30 р., по 25 четвертей хлеба, муки и овса. Петр также пожаловал в А. м. напрестольное Евангелие, колокол более 1т весом, напрестольный крест и комплект из 12 Миней. Вклады делали приближенные царя: стольник И. И. Бутурлин, боярин Б. Г. Юшков и его жена Е. Г. Юшкова. А. м. обладал крупными земельными владениями. В кон. 90-х гг. XVII в. мон-рь получил землю (60×55 саженей) для построек и 2 дес. береговой земли для огорода, позднее - землю на правом берегу Дона (3 версты). В 1700 г. мон-рю были переданы вотчины сосланного дьяка Ступина: дер. Орловка в Данковском у. (100 чел. крестьян) и дер. Титовка Зарайского у. (100 чел. крестьян). Тогда же для устроения подворья в Москве А. м. получил десятину земли у Воскресенских ворот и часовню на Каменном мосту у Всехсвятских ворот. В качестве вкладов в обитель были переданы остров при впадении рек Кутерьмы и Каланчи в р. Донец, рыбные и звериные ловли на реках Хопёр и Таволожная. К А. м. была приписана Донецкая Успенская пуст. (см. Азовско-Донецкий во имя Иоанна Предтечи мон-рь), а также пустующий Новоборовенковский казачий юрт в Бахмутской пров., при впадении р. Боровой в Донец: ок. 7500 дес. «доброй» земли, 6000 копен сенокосов, 23 050 дес. «неудобной» пашни и песков, 3 мельницы. В 1701 г. в А. м. была устроена резиденция для митр. Азовского и Донского. В связи с передачей Азова Турции по мирному договору 1711 г. братия мон-ря (30 чел.) в дек. 1712 г. перешла в Донецкую Успенскую пуст.
В А. м. особо почиталась написанная в 1527 г. икона св. Иоанна Предтечи. По преданию, она находилась с казаками в Азове в 1641 г. и во время осады города, после видения одному из осажденных Пресв. Богородицы и св. Иоанна Предтечи, «плакала слезами». При оставлении казаками Азова икону, по одной из версий, зарыли в землю, по др.- замуровали в стену храма. После взятия Азова в 1696 г. Петр I, лично участвуя в земляных работах, обрел эту икону вместе с иконой Божией Матери «Знамение», написанной на перламутре (передана в Азовский собор, по оставлении Азова - в г. Павловск). В 1712 г. икона св. Иоанна Предтечи была перенесена в Азовско-Донецкий мон-рь, после 1917 г. местонахождение ее неизвестно.