образована решением Свящ. Синода РПЦ 19 июля 2000 г. путем выделения приходов на территории Чукотского АО из Магаданской епархии, утверждена решением Архиерейского Собора РПЦ 2000 г. Кафедральный город - Анадырь (бывш. пост Новомариинск). Первым епископом Анадырским и Чукотским был назначен игум. Диомид (Дзюбан), клирик Петропавловской епархии. Его хиротония состоялась 10 авг. 2000 г. в Москве, в Успенском соборе Новодевичьего мон-ря. На момент создания А. и Ч. е. существовало 10 приходов, окормляемых 4 священниками; 6 приходов имели собственные церкви, перестроенные из жилых домов. Кафедральным храмом первоначально являлась анадырская ц. в честь Преображения Господня (до 1917 причтовый дом с часовней, возвращен Церкви в 1993), освященная в 1996 г. еп. Магаданским и Чукотским Ростиславом (Девятовым). 21 окт. 2000 г. состоялся крестный ход от Преображенской ц. к месту буд. кафедрального собора, где еп. Диомидом установлен крест, совершен молебен и заложен собор.
Следующим по времени правосл. центром на Чукотке явилась часовня в торговой крепости на протоке Круговой Майн (бассейн р. Анадырь). В 1842 г. свт. Иннокентием (Вениаминовым) была учреждена Анадырская миссия, центром к-рой стала упомянутая часовня. Первым анадырским миссионером был свящ. Роман Верещагин. После смерти владельца Анадырской торговли А. А. Баранова в 1844 г. крепость пришла в упадок, жители постепенно покинули ее, избрав новым местом обитания пос. Марково, где в 1862 г. была построена Свято-Никольская ц., настоятелем этого храма был свящ. Митрофан Шипицын. После его смерти в 1902 г. на это место заступил его сын свящ. Агафопод Шипицын. В 1843-1855 гг. Чукотскую миссию возглавлял свящ. Андрей Аргентов, построивший в 1848 г. в устье р. Раучуа ц. во имя свт. Николая Мирликийского, прихожанами к-рой стали чукчи-оленеводы, юкагиры и чуванцы Чаун-Чукотки. В 1872 г. Чукотская миссия была разделена на 3 стана - Эломбальский, Сен-Кёльский и Николаевский Чаунский. К 1917 г. на территории Чукотки было 2 церкви и 6 часовен - на Эломбале, Сен-Кёле, Ерополе, на М. Анюе (пос. Островное), в устье р. Белой и в Новомариинске в устье р. Анадырь - все они были упразднены в советский период. Восстановление церковной жизни на Чукотке началось в 90-х гг. ХХ в.
Территория Чукотки последовательно находилась в подчинении тобольских, иркутских, камчатских, затем якутских архиереев. После образования Владивостокскойепархии (1898) вост. часть Чукотки, включая бассейн р. Анадырь, вошла во Владивостокскую епархию, а зап. (бассейны рек М. и Б. Анюй, а также Чаун-Чукотка - северо-запад Чукотки) - осталась в Якутской епархии. В 40-80-х гг. ХХ в. территория Чукотки входила в состав Иркутской, в 1988-1990 гг.- Хабаровской епархий, в 1991 г. вошла в новообразованную Магаданскую епархию.
28. 06. 2008 Свящ. Синод отстранил еп. Диомида от управления епархией и назначил в.у. А. и Ч. е. архиепископа Хабаровского Марка (Тужикова). На Архиерейском Соборе 24-29 июня 2008 г. было принято "Определение о деятельности Преосвященного Диомида, епископа Анадырского и Чукотского". 6 окт. 2008 г. Свящ. Синод утвердил решение Архиерейского Собора об извержении из свящ. сана еп. Диомида и поручил архиеп. Марку (Тужикову) управление А. и Ч. е.
А. и Ч. е. разделена на 6 благочиний: Анадырский епархиальный округ, Крестобоздвиженское благочиние, Билибинское, Чаунское, Провиденское и Чукотское. В епархии существует 16 приходов, окормляемых 13 священнослужителями. С 2005 г. кафедральным собором стал вновь построенный Троицкий храм.
Архиереи:
епископ Диомид (Дзюбан; 10 авг. 2000 - 28 июня 2008), архиепископ Хабаровский Марк (Тужиков; 28 июня 2008 - 31 марта 2009, временно управляющий), епископ Николай (Чибисов; 31 марта 2009 - 30 мая 2011), епископ Серафим (Глушаков; 30 мая 2011 - 24 дек. 2015), епископ Матфей (Копылов; 3 янв. 2016 - 14 июля 2018, с 4 декабря 2017 в сане архиепископа), епископ Ипатий (Голубев; с 21 авг. 2018).